Rad51/RadA/RecA

                                         460       470       480       490
                                  ----:----|----:----|----:----|----:----|----:
Consensus                         qvxvxexxxxxsxxniVVIdSvxalxxxxyxxxxxgexnxxxqxx
===============================================================================
PYROCOCCUS_FURIOSUS               arpdaffgdptrpigghILahsa----------------------
Pyrococcus_abyssi                 arpdaffgdptrpigghILahsa----------------------
===============================================================================
METHANOCOCCUS_VOLTAE              tnqVsakpdaffgmaeqaIgghivghaa-----------------
Methanococcus_jannaschii          tnqVaarpdalfgpSeqaIgghivghaa-----------------
===============================================================================
SULFOLOBUS_SOLFATARICUS           QVmarpdmfygdptvaVgghTLyhVp-------------------
Aeropyrum_pernix                  QVmarpdvfygdptqaVgghvLghap-------------------
Desulfurococcus_amylolyticus      QVmarpdvfygdpttaVgghvLahtp-------------------
Sulfolobus_tokodaii               QVmarpdmfygdptvaVgghTLyhVp-------------------
===============================================================================
HUMAN                             aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
YEAST                             QM-MsE-----SrfSLIVVDSVmALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Apis_mellifera                    aM-MtE-----SryaLLIVDSatgLyrteYsgr--GEla--aRqm
Aspergillus_fumigatus             QM-McE-----TrfSLLVVDSatsLyrtdFngr--GElS--sRqt
Bombyx_mandarina                  aM-MaE-----SrySLIIVDSatALyrtdYsgr--GElN--sRql
Bos_taurus                        aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Caenorhabditis_elegans            aM-MsE-----SryaVVIVDcatAhfrneYtgr--GDla--eRqm
Candida_albicans                  EM-MaE-----SrfSLLIVDSImsLyrtdYagr--GElS--aRqt
Candida_glabrata                  QM-MsE-----SrfSLIVVDSVmALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Canis_lupus                       aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Coprinus_cinereus                 aL-MsE-----SrfcLLIVDSctALyrtdFsgr--GElS--sRqt
Cricetulus_griseus                aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Cryptococcus_neoformans           aM-MaE-----SrfSLLIVDSctsLyrtdFsgr--GElS--aRqm
Danio_rerio                       aM-MtE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqg
Debaryomyces_hansenii             QM-MsE-----SrfScLIVDSImsLyrtdYsgr--aElS--aRqt
Drosophila_melanogaster           gM-LfE-----SryaLLIVDSamALyrsdYigr--GEla--aRqn
Drosophila_pseudoobscura          gM-LfE-----TryaaVIVDSVmALyrsdYigr--GEla--aRqn
Emericella_nidulans               QM-McE-----TrfSLLVVDSatsLyrtdFngr--GElS--tRqt
Encephalitozoon_cuniculi          aM-MsE-----SkySVLIIDSatALyrtdFsgr--GElg--aRql
Eremothecium_gossypii             QM-MsE-----SrfSLIVVDSImALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Gallus_gallus                     aM-MaE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Gibberella_zeae                   aM-McE-----TrfSLLIVDSatsLyrtdFcgr--GElS--nRqt
Kluyveromyces_lactis              QM-MsE-----SrfSLIIVDSImALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Mus_musculus                      aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Neurospora_crassa                 aM-McE-----TrfSLLIVDSatsLyrtdFlgr--GElS--sRqt
Nosema_bombycis                   sL-MsQ-----NkyaVLIIDSatALyrtdFsgr--GElg--aRqi
Oikopleura_dioica                 aM-MtE-----SrySIMIVDSImALyrsdYsgr--GEla--aRqm
Oryctolagus_cuniculus             aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Pichia_angusta                    sM-MtE-----SrfSLLIVDSImALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Pleurotus_ostreatus               RL-MsE-----SrfcLLIVDSctALyrtdFsgr--GElS--sRqn
Rattus_norvegicus                 aM-MvE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Schizosaccharomyces_pombe         nM-MsE-----SrfSLLVVDSctALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Strongylocentrotus_purpuratus     aM-MaE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GEla--sRqm
Tetraodon_nigroviridis            aM-MaE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgrvwrrcg--dnqs
Ustilago_maydis                   aM-MaE-----SrfSLLIVDSLtsLyrtdFsgr--GElS--aRqm
Xenopus_laevis                    aM-MaE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Xenopus_tropicalis                aM-MaE-----SryaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--aRqm
Yarrowia_lipolytica               nM-MtK-----SrfScLIVDSImALyrtdYagr--GElS--aRqt
Cryptosporidium_spp               aM-MtE-----SrfaLMIVDSatALyrseYngr--GEla--tRqs
Dictyostelium_discoideum          aM-MsE-----SryaLLIVDSatALyrtdYagr--GEla--dRqk
Entamoeba_histolytica             gL-MaK-----erygLLIIDSatALyrtdYsgr--GEla--sRqm
Leishmania_donovani               aM-MaE-----NrfaLIIVDSatALyrtdYsgr--nEla--aRqm
Leishmania_tropica                aM-MaE-----NrfaLIIVDSatALyrtdYsgr--nEla--aRqm
Plasmodium_berghei                aM-MaD-----TrfaLLIVDSatALyrseYtgr--GEla--nRqs
Plasmodium_falciparum             aM-MaD-----arfaLLIVDSatALyrseYigr--GEla--nRqs
Plasmodium_yoelii                 aM-MaD-----TrfaLLIVDSatALyrseYtgr--GEla--nRqs
Tetrahymena_thermophila           aL-MaE-----SkyaLLIVDSatALyrtdYsgr--GElS--vRqn
Theileria_annulata                aM-MaQ-----TrfaLLIVDSatsLyrsdYsgr--GEla--sRqm
Theileria_parva                   aM-MaQ-----TrfaLLIVDSatsLyrsdYsgr--GEla--sRqm
Trypanosoma_brucei                at-MaE-----hrvaIIVVDSatALyrtdYngr--GEla--aRqm
Trypanosoma_cruzi                 aM-MaE-----NrfaIIIVDSatALyrtdYsgr--nEla--aRqm
Arabidopsis_thaliana              sM-MiE-----TrfaLLIVDSatALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Oryza_sativa                      sM-MiE-----TrfaLMIVDSatALyrtdFsgr--GElS--aRqm
Zea_mays                          sM-MvE-----TrfaLMVVDSatALyrtdFsgr--GElS--aRqm
===============================================================================
ECOLI                             R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
MYCOBACTERIUM_SMEGMATIS           R--sg------a-lDIIVIDSVaALvpraeiegemGDsHvglQar
MYCOBACTERIUM_TUBERCULOSIS        R--sg------a-lDIVLIDSVaALvpraelegemGDsHvglQar
Acetobacter_polyoxogenes          R--sg------a-vDVLVVDSVaALvpraelegdmGDsHvglhar
Acinetobacter_calcoaceticus       R--sg------a-iDLIVVDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Actinobacillus_pleuropneumoniae   R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegdmGDsHmglQar
Actinobacillus_succinogenes       R--sg------a-iDVIIVDSVaALtpkaeiegdmGDaHvglQar
Bacillus_licheniformis            R--sg------a-vDIVVIDSVaALvpkaeiegdmGDsHvglQar
Bacillus_subtilis                 R--sg------a-vDIVVVDSVaALvpkaeiegdmGDsHvglQar
Burkholderia_fungorum             R--sg------S-iDMIVIDSVaALvpkaeiegemGDslpglQar
Carboxydothermus_hydrogenoformans R--sg------a-iDVIVIDSVaALvpraeiegemGDaHvglQar
Chromobacterium_violaceum         R--ss------g-vDVIVVDSVaALvpkaeiegemGDsHvglQar
Clostridium_thermocellum          R--sg------a-iDVIVIDSVaALvpkaeidgemGDsHvglQar
Colwellia_psychrerythraea         R--sg------a-iDVIVVDSVaALtpkaeiegdmGDsHmglQar
Desulfotalea_psychrophila         R--sg------g-vDIIVVDSVaALtpkaeidgnvGDvHvglQar
Enterococcus_faecalis             s--sg------a-iDIVVIDSVaALvpraeidgemGasHvglQar
Erwinia_carotovora                R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
Haemophilus_ducreyi               R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegdmGDsymglQar
Haemophilus_influenzae            R--sg------a-iDVIIVDSVaALtpkaeiegdmGDsHmglQar
Histophilus_somni                 R--sg------a-vDVVIVDSVaALtpkaeiegemGDtHvglQar
Kineococcus_radiotolerans         R--sg------a-lDIIVIDSVaALvpkaeiegemGDsHvglQar
Leifsonia_xyli                    R--sg------S-iDLIVIDSVaALvpraeiegemGDaHvglQar
Listeria_monocytogenes            R--sg------a-vDMLVIDSVaALvpraeiegemGDaHvglQar
Mannheimia_succiniciproducens     R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegdmGDsHvglQar
Neisseria_gonorrhoeae             R--sg------g-iDMVVVDSVaALvpkaeiegdmGDsHvglQar
Nitrosomonas_europaea             R--sg------S-vDVVVVDSVaALtpraeiegemGEpqmglQar
Nitrosomonas_eutropha             R--sg------S-vDIVVIDSVaALtpraeiegemGEpqmglQar
Oceanobacillus_iheyensis          R--sg------a-vDIIVVDSVaALvpkaeiegemGDsHvglQar
Pasteurella_multocida             R--sg------a-iDVMVVDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Photobacterium_profundum          R--sg------a-vDLIVVDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Photorhabdus_luminescens          R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
Proteus_mirabilis                 R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegeiGDsHvglaar
Pseudomonas_aeruginosa            R--sg------a-vNLIVVDSVaALvpkaeiegeiGDsHvglaar
Pseudomonas_cepacia               R--sg------S-iDMIVIDSVaALvpkaeiegemGDslpglQar
Salmonella_typhi                  R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
Shewanella_putrefaciens           R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
Streptomyces_avermitilis          R--sg------a-lDLIVIDSVaALvpraeiegemGDsHvglQar
Streptomyces_coelicolor           R--sg------a-lDLIVIDSVaALvpraeiegemGDsHvglQar
Streptomyces_lividans             R--sg------a-lDLIVIDSVaALvpraeiegemGDsHvglQar
Vibrio_cholerae                   R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Vibrio_splendidus                 R--sg------a-iDVLVIDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Vibrio_vulnificus                 R--sg------a-vDVIVVDSVaALtpkaeiegemGDsHmglQar
Xanthomonas_vasicola              R--ss------S-vDIVVIDSVaALtpkaeiegemGDqlpglQar
Xylella_fastidiosa                R--sg------S-iDIMVIDSVaALtpraeiegemGDqlpglQar
Yersinia_pestis                   R--sg------a-vDVIIVDSVaALtpkaeiegeiGDsHmglaar
===============================================================================
DEINOCOCCUS_RADIODURANS           aIfInQvrekigvmygnpetTtggralkfYa--------------
Deinococcus_geothermalis          aIfInQvrekigvmygnpetTtggralkfYa--------------
Thermus_aquaticus                 aIfInQvrekvgvmygnpetTpggralkfYs--------------
===============================================================================
Consensus                         qvxvxexxxxxsxxniVVIdSvxalxxxxyxxxxxgexnxxxqxx

Page 11 of 18