constraint eukaryota -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Anopheles_gambiae Apis_mellifera Arabidopsis_thaliana.1 Arabidopsis_thaliana.2 Arabidopsis_thaliana.3 Arabidopsis_thaliana.4 Arabidopsis_thaliana.5 Aspergillus_flavus Aspergillus_fumigatus Bemisia_argentifolii Bombyx_mandarina Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Caenorhabditis_briggsae.1 Caenorhabditis_briggsae.2 Caenorhabditis_elegans.1 Caenorhabditis_elegans.2 Candida_albicans.1 Candida_albicans.2 Candida_albicans.3 Candida_albicans.4 Candida_dubliniensis Candida_glabrata.1 Candida_glabrata.2 Candida_oleophila Candida_tropicalis Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chaetomium_globosum Chaetomium_thermophilum Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coccidioides_immitis Coprinus_cinereus Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Cryptococcus_neoformans Cryptosporidium_hominis Cryptosporidium_parvum.1 Cryptosporidium_parvum.2 Danio_rerio.1 Danio_rerio.2 Danio_rerio.3 Danio_rerio.4 Debaryomyces_hansenii.1 Debaryomyces_hansenii.2 Debaryomyces_occidentalis Deuterostomia_es Deuterostomia_kag Dictyostelium_discoideum Didelphis_marsupialis Drosophila_melanogaster.1 Drosophila_melanogaster.2 Drosophila_melanogaster.3 Drosophila_pseudoobscura Emericella_nidulans Encephalitozoon_cuniculi.1 Encephalitozoon_cuniculi.2 Entamoeba_histolytica Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Eremothecium_gossypii.1 Eremothecium_gossypii.2 Fungimetazoa_gtf Fungimetazoa_stf Gadus_morhua Gallus_gallus Gibberella_zeae Glycine_max Hartmannella_cantabrigiensis.1 Hartmannella_cantabrigiensis.2 Hartmannella_cantabrigiensis.3 Hartmannella_cantabrigiensis.4 Hartmannella_cantabrigiensis.5 Hartmannella_cantabrigiensis.6 Hartmannella_cantabrigiensis.7 Hartmannella_cantabrigiensis.8 Heligmosomoides_polygyrus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Ixodes_scapularis Kluyveromyces_lactis.1 Kluyveromyces_lactis.2 Kluyveromyces_lactis.3 Lampetra_fluviatilis Leishmania_donovani Leishmania_mexicana Leishmania_tropica.1 Leishmania_tropica.2 Leishmania_tropica.3 Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Magnaporthe_grisea Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Neurospora_crassa Ommastrephes_sloani.1 Ommastrephes_sloani.2 Onchocerca_volvulus.1 Onchocerca_volvulus.2 Oncorhynchus_mykiss Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Oryza_sativa Oryzias_latipes Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Petromyzon_marinus.1 Petromyzon_marinus.2 Pichia_angusta Pichia_stipitis.1 Pichia_stipitis.2 Placental_ancestral Plasmodium_berghei Plasmodium_chabaudi Plasmodium_falciparum Plasmodium_vivax.1 Plasmodium_vivax.2 Pneumocystis_carinii.01 Pneumocystis_carinii.02 Pneumocystis_carinii.03 Pneumocystis_carinii.04 Pneumocystis_carinii.05 Pneumocystis_carinii.06 Pneumocystis_carinii.07 Pneumocystis_carinii.08 Pneumocystis_carinii.09 Pneumocystis_carinii.10 Pneumocystis_carinii.11 Pneumocystis_carinii.12 Pneumocystis_carinii.13 Pneumocystis_carinii.14 Pneumocystis_carinii.15 Pneumocystis_carinii.16 Pneumocystis_carinii.17 Pneumocystis_carinii.18 Pneumocystis_carinii.19 Pneumocystis_carinii.20 Pneumocystis_carinii.21 Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Saccharomyces_cerevisiae.1 Saccharomyces_cerevisiae.2 Saccharomyces_cerevisiae.3 Saccharomyces_cerevisiae.4 Saccharomyces_cerevisiae.5 Saccharomyces_cerevisiae.6 Saccharomyces_cerevisiae.7 Saccharomyces_cerevisiae.8 Saccharomyces_kluyveri Schistosoma_japonicum Schistosoma_mansoni Schizosaccharomyces_pombe.1 Schizosaccharomyces_pombe.2 Strongylocentrotus_purpuratus Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Tetrahymena_thermophila Tetraodon_nigroviridis Theileria_annulata Theileria_parva Thunnus_albacares Tribolium_castaneum Trypanosoma_brucei.1 Trypanosoma_brucei.2 Trypanosoma_cruzi.1 Trypanosoma_cruzi.2 Trypanosoma_cruzi.3 Trypanosoma_cruzi.4 Trypanosoma_cruzi.5 Uramniota_aga Uramniota_pgv Ustilago_maydis Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis Yarrowia_lipolytica.1 Yarrowia_lipolytica.2 Zea_mays.1 Zea_mays.2 Zea_mays.3 Zea_mays.4 Zygosaccharomyces_bailii;
	constraint archaea -1 = Aeropyrum_pernix.1 Aeropyrum_pernix.2 Archaeoglobus_fulgidus Desulfurococcus_amylolyticus Methanococcus_jannaschii Methanococcus_maripaludis Methanococcus_voltae Pyrococcus_abyssi Pyrococcus_furiosus Sulfolobus_acidocaldarius Sulfolobus_solfataricus Sulfolobus_tokodaii;
	constraint bacteria -1 = Acinetobacter_calcoaceticus Actinobacillus_pleuropneumoniae Actinobacillus_succinogenes Azotobacter_vinelandii Bacillus_halodurans Bacillus_licheniformis Bacillus_stearothermophilus Bacillus_subtilis Bordetella_pertussis Chromobacterium_violaceum Colwellia_psychrerythraea Cupriavidus_metallidurans.1 Cupriavidus_metallidurans.2 Deinococcus_geothermalis Deinococcus_radiodurans Desulfotalea_psychrophila Enterococcus_faecalis Erwinia_carotovora.1 Erwinia_carotovora.2 Escherichia_coli.1 Escherichia_coli.2 Escherichia_coli.3 Escherichia_coli.4 Haemophilus_influenzae Listeria_monocytogenes.1 Listeria_monocytogenes.2 Listeria_monocytogenes.3 Neisseria_gonorrhoeae.1 Neisseria_gonorrhoeae.2 Neisseria_meningitidis.1 Neisseria_meningitidis.2 Nitrosomonas_europaea Nitrosomonas_eutropha Oceanobacillus_iheyensis Photobacterium_leiognathi Photobacterium_profundum Photorhabdus_luminescens Proteus_mirabilis Pseudomonas_aeruginosa.1 Pseudomonas_aeruginosa.2 Pseudomonas_aeruginosa.3 Pseudomonas_aeruginosa.4 Salmonella_typhi.1 Salmonella_typhi.2 Salmonella_typhi.3 Salmonella_typhi.4 Salmonella_typhi.5 Shewanella_amazonensis Shewanella_putrefaciens Streptomyces_coelicolor.1 Streptomyces_coelicolor.2 Streptomyces_coelicolor.3 Thermus_aquaticus.1 Thermus_aquaticus.2 Vibrio_alginolyticus Vibrio_cholerae Vibrio_fischeri Vibrio_marinus Vibrio_parahaemolyticus Vibrio_vulnificus.1 Vibrio_vulnificus.2 Xanthomonas_vasicola.1 Xanthomonas_vasicola.2 Xylella_fastidiosa.1 Xylella_fastidiosa.2 Yersinia_enterocolitica Yersinia_pestis.1 Yersinia_pestis.2
	constraint proteobacteria -1 = Acinetobacter_calcoaceticus Actinobacillus_pleuropneumoniae Actinobacillus_succinogenes Azotobacter_vinelandii Bordetella_pertussis Chromobacterium_violaceum Colwellia_psychrerythraea Cupriavidus_metallidurans.1 Cupriavidus_metallidurans.2 Desulfotalea_psychrophila Erwinia_carotovora.1 Erwinia_carotovora.2 Escherichia_coli.1 Escherichia_coli.2 Escherichia_coli.3 Escherichia_coli.4 Haemophilus_influenzae Neisseria_gonorrhoeae.1 Neisseria_gonorrhoeae.2 Neisseria_meningitidis.1 Neisseria_meningitidis.2 Nitrosomonas_europaea Nitrosomonas_eutropha Photobacterium_leiognathi Photobacterium_profundum Photorhabdus_luminescens Proteus_mirabilis Pseudomonas_aeruginosa.1 Pseudomonas_aeruginosa.2 Pseudomonas_aeruginosa.3 Pseudomonas_aeruginosa.4 Salmonella_typhi.1 Salmonella_typhi.2 Salmonella_typhi.3 Salmonella_typhi.4 Salmonella_typhi.5 Shewanella_amazonensis Shewanella_putrefaciens Vibrio_alginolyticus Vibrio_cholerae Vibrio_fischeri Vibrio_marinus Vibrio_parahaemolyticus Vibrio_vulnificus.1 Vibrio_vulnificus.2 Xanthomonas_vasicola.1 Xanthomonas_vasicola.2 Xylella_fastidiosa.1 Xylella_fastidiosa.2 Yersinia_enterocolitica Yersinia_pestis.1 Yersinia_pestis.2;
	constraint fungi_metazoa -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Anopheles_gambiae Apis_mellifera Aspergillus_flavus Aspergillus_fumigatus Bemisia_argentifolii Bombyx_mandarina Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Caenorhabditis_briggsae.1 Caenorhabditis_briggsae.2 Caenorhabditis_elegans.1 Caenorhabditis_elegans.2 Candida_albicans.1 Candida_albicans.2 Candida_albicans.3 Candida_albicans.4 Candida_dubliniensis Candida_glabrata.1 Candida_glabrata.2 Candida_oleophila Candida_tropicalis Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chaetomium_globosum Chaetomium_thermophilum Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coccidioides_immitis Coprinus_cinereus Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Cryptococcus_neoformans Danio_rerio.1 Danio_rerio.2 Danio_rerio.3 Danio_rerio.4 Debaryomyces_hansenii.1 Debaryomyces_hansenii.2 Debaryomyces_occidentalis Deuterostomia_es Deuterostomia_kag Didelphis_marsupialis Drosophila_melanogaster.1 Drosophila_melanogaster.2 Drosophila_melanogaster.3 Drosophila_pseudoobscura Emericella_nidulans Encephalitozoon_cuniculi.1 Encephalitozoon_cuniculi.2 Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Eremothecium_gossypii.1 Eremothecium_gossypii.2 Fungimetazoa_gtf Fungimetazoa_stf Gadus_morhua Gallus_gallus Gibberella_zeae Heligmosomoides_polygyrus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Ixodes_scapularis Kluyveromyces_lactis.1 Kluyveromyces_lactis.2 Kluyveromyces_lactis.3 Lampetra_fluviatilis Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Magnaporthe_grisea Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Neurospora_crassa Ommastrephes_sloani.1 Ommastrephes_sloani.2 Onchocerca_volvulus.1 Onchocerca_volvulus.2 Oncorhynchus_mykiss Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Oryzias_latipes Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Petromyzon_marinus.1 Petromyzon_marinus.2 Pichia_angusta Pichia_stipitis.1 Pichia_stipitis.2 Placental_ancestral Pneumocystis_carinii.01 Pneumocystis_carinii.02 Pneumocystis_carinii.03 Pneumocystis_carinii.04 Pneumocystis_carinii.05 Pneumocystis_carinii.06 Pneumocystis_carinii.07 Pneumocystis_carinii.08 Pneumocystis_carinii.09 Pneumocystis_carinii.10 Pneumocystis_carinii.11 Pneumocystis_carinii.12 Pneumocystis_carinii.13 Pneumocystis_carinii.14 Pneumocystis_carinii.15 Pneumocystis_carinii.16 Pneumocystis_carinii.17 Pneumocystis_carinii.18 Pneumocystis_carinii.19 Pneumocystis_carinii.20 Pneumocystis_carinii.21 Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Saccharomyces_cerevisiae.1 Saccharomyces_cerevisiae.2 Saccharomyces_cerevisiae.3 Saccharomyces_cerevisiae.4 Saccharomyces_cerevisiae.5 Saccharomyces_cerevisiae.6 Saccharomyces_cerevisiae.7 Saccharomyces_cerevisiae.8 Saccharomyces_kluyveri Schistosoma_japonicum Schistosoma_mansoni Schizosaccharomyces_pombe.1 Schizosaccharomyces_pombe.2 Strongylocentrotus_purpuratus Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Tetraodon_nigroviridis Thunnus_albacares Tribolium_castaneum Uramniota_aga Uramniota_pgv Ustilago_maydis Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis Yarrowia_lipolytica.1 Yarrowia_lipolytica.2 Zygosaccharomyces_bailii;
	constraint poss_fungi_metazoa -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Anopheles_gambiae Apis_mellifera Aspergillus_flavus Aspergillus_fumigatus Bemisia_argentifolii Bombyx_mandarina Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Caenorhabditis_briggsae.1 Caenorhabditis_briggsae.2 Caenorhabditis_elegans.1 Caenorhabditis_elegans.2 Candida_albicans.1 Candida_albicans.2 Candida_albicans.3 Candida_albicans.4 Candida_dubliniensis Candida_glabrata.1 Candida_glabrata.2 Candida_oleophila Candida_tropicalis Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chaetomium_globosum Chaetomium_thermophilum Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coccidioides_immitis Coprinus_cinereus Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Cryptococcus_neoformans Danio_rerio.1 Danio_rerio.2 Danio_rerio.3 Danio_rerio.4 Debaryomyces_hansenii.1 Debaryomyces_hansenii.2 Debaryomyces_occidentalis Deuterostomia_es Deuterostomia_kag Dictyostelium_discoideum Didelphis_marsupialis Drosophila_melanogaster.1 Drosophila_melanogaster.2 Drosophila_melanogaster.3 Drosophila_pseudoobscura Emericella_nidulans Encephalitozoon_cuniculi.1 Encephalitozoon_cuniculi.2 Entamoeba_histolytica Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Eremothecium_gossypii.1 Eremothecium_gossypii.2 Fungimetazoa_gtf Fungimetazoa_stf Gadus_morhua Gallus_gallus Gibberella_zeae Hartmannella_cantabrigiensis.1 Hartmannella_cantabrigiensis.2 Hartmannella_cantabrigiensis.3 Hartmannella_cantabrigiensis.4 Hartmannella_cantabrigiensis.5 Hartmannella_cantabrigiensis.6 Hartmannella_cantabrigiensis.7 Hartmannella_cantabrigiensis.8 Heligmosomoides_polygyrus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Ixodes_scapularis Kluyveromyces_lactis.1 Kluyveromyces_lactis.2 Kluyveromyces_lactis.3 Lampetra_fluviatilis Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Magnaporthe_grisea Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Neurospora_crassa Ommastrephes_sloani.1 Ommastrephes_sloani.2 Onchocerca_volvulus.1 Onchocerca_volvulus.2 Oncorhynchus_mykiss Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Oryzias_latipes Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Petromyzon_marinus.1 Petromyzon_marinus.2 Pichia_angusta Pichia_stipitis.1 Pichia_stipitis.2 Placental_ancestral Pneumocystis_carinii.01 Pneumocystis_carinii.02 Pneumocystis_carinii.03 Pneumocystis_carinii.04 Pneumocystis_carinii.05 Pneumocystis_carinii.06 Pneumocystis_carinii.07 Pneumocystis_carinii.08 Pneumocystis_carinii.09 Pneumocystis_carinii.10 Pneumocystis_carinii.11 Pneumocystis_carinii.12 Pneumocystis_carinii.13 Pneumocystis_carinii.14 Pneumocystis_carinii.15 Pneumocystis_carinii.16 Pneumocystis_carinii.17 Pneumocystis_carinii.18 Pneumocystis_carinii.19 Pneumocystis_carinii.20 Pneumocystis_carinii.21 Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Saccharomyces_cerevisiae.1 Saccharomyces_cerevisiae.2 Saccharomyces_cerevisiae.3 Saccharomyces_cerevisiae.4 Saccharomyces_cerevisiae.5 Saccharomyces_cerevisiae.6 Saccharomyces_cerevisiae.7 Saccharomyces_cerevisiae.8 Saccharomyces_kluyveri Schistosoma_japonicum Schistosoma_mansoni Schizosaccharomyces_pombe.1 Schizosaccharomyces_pombe.2 Strongylocentrotus_purpuratus Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Tetraodon_nigroviridis Thunnus_albacares Tribolium_castaneum Uramniota_aga Uramniota_pgv Ustilago_maydis Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis Yarrowia_lipolytica.1 Yarrowia_lipolytica.2 Zygosaccharomyces_bailii;
	constraint fungi -1 = Aspergillus_flavus Aspergillus_fumigatus Candida_albicans.1 Candida_albicans.2 Candida_albicans.3 Candida_albicans.4 Candida_dubliniensis Candida_glabrata.1 Candida_glabrata.2 Candida_oleophila Candida_tropicalis Chaetomium_globosum Chaetomium_thermophilum Coccidioides_immitis Coprinus_cinereus Cryptococcus_neoformans Debaryomyces_hansenii.1 Debaryomyces_hansenii.2 Debaryomyces_occidentalis Emericella_nidulans Encephalitozoon_cuniculi.1 Encephalitozoon_cuniculi.2 Eremothecium_gossypii.1 Eremothecium_gossypii.2 Gibberella_zeae Kluyveromyces_lactis.1 Kluyveromyces_lactis.2 Kluyveromyces_lactis.3 Magnaporthe_grisea Neurospora_crassa Pichia_angusta Pichia_stipitis.1 Pichia_stipitis.2 Pneumocystis_carinii.01 Pneumocystis_carinii.02 Pneumocystis_carinii.03 Pneumocystis_carinii.04 Pneumocystis_carinii.05 Pneumocystis_carinii.06 Pneumocystis_carinii.07 Pneumocystis_carinii.08 Pneumocystis_carinii.09 Pneumocystis_carinii.10 Pneumocystis_carinii.11 Pneumocystis_carinii.12 Pneumocystis_carinii.13 Pneumocystis_carinii.14 Pneumocystis_carinii.15 Pneumocystis_carinii.16 Pneumocystis_carinii.17 Pneumocystis_carinii.18 Pneumocystis_carinii.19 Pneumocystis_carinii.20 Pneumocystis_carinii.21 Saccharomyces_cerevisiae.1 Saccharomyces_cerevisiae.2 Saccharomyces_cerevisiae.3 Saccharomyces_cerevisiae.4 Saccharomyces_cerevisiae.5 Saccharomyces_cerevisiae.6 Saccharomyces_cerevisiae.7 Saccharomyces_cerevisiae.8 Saccharomyces_kluyveri Schizosaccharomyces_pombe.1 Schizosaccharomyces_pombe.2 Ustilago_maydis Yarrowia_lipolytica.1 Yarrowia_lipolytica.2 Zygosaccharomyces_bailii;
	constraint metazoa -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Anopheles_gambiae Apis_mellifera Bemisia_argentifolii Bombyx_mandarina Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Caenorhabditis_briggsae.1 Caenorhabditis_briggsae.2 Caenorhabditis_elegans.1 Caenorhabditis_elegans.2 Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Danio_rerio.1 Danio_rerio.2 Danio_rerio.3 Danio_rerio.4 Deuterostomia_es Deuterostomia_kag Didelphis_marsupialis Drosophila_melanogaster.1 Drosophila_melanogaster.2 Drosophila_melanogaster.3 Drosophila_pseudoobscura Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Gadus_morhua Gallus_gallus Heligmosomoides_polygyrus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Ixodes_scapularis Lampetra_fluviatilis Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Ommastrephes_sloani.1 Ommastrephes_sloani.2 Onchocerca_volvulus.1 Onchocerca_volvulus.2 Oncorhynchus_mykiss Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Oryzias_latipes Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Petromyzon_marinus.1 Petromyzon_marinus.2 Placental_ancestral Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Schistosoma_japonicum Schistosoma_mansoni Strongylocentrotus_purpuratus Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Tetraodon_nigroviridis Thunnus_albacares Tribolium_castaneum Uramniota_aga Uramniota_pgv Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis;
	constraint vertebrata -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Danio_rerio.1 Danio_rerio.2 Danio_rerio.3 Danio_rerio.4 Didelphis_marsupialis Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Gadus_morhua Gallus_gallus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Lampetra_fluviatilis Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Oncorhynchus_mykiss Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Oryzias_latipes Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Petromyzon_marinus.1 Petromyzon_marinus.2 Placental_ancestral Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Tetraodon_nigroviridis Thunnus_albacares Uramniota_aga Uramniota_pgv Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis;
	constraint tetrapoda -1 = Alligator_mississippiensis.1 Alligator_mississippiensis.2 Alligator_mississippiensis.3 Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Chelonia_mydas.1 Chelonia_mydas.2 Coturnix_coturnix Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Didelphis_marsupialis Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Gallus_gallus Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Placental_ancestral Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3 Sus_scrofa Uramniota_aga Uramniota_pgv Xenopus_laevis.1 Xenopus_laevis.2 Xenopus_laevis.3 Xenopus_laevis.4 Xenopus_tropicalis;
	constraint mammalia -1 = Bos_taurus.1 Bos_taurus.2 Bos_taurus.3 Bos_taurus.4 Bos_taurus.5 Canis_lupus.1 Canis_lupus.2 Canis_lupus.3 Cavia_porcellus Cebus_apella Cricetulus_griseus.1 Cricetulus_griseus.2 Didelphis_marsupialis Equus_caballus.1 Equus_caballus.2 Homo_sapiens.01 Homo_sapiens.02 Homo_sapiens.03 Homo_sapiens.04 Homo_sapiens.05 Homo_sapiens.06 Homo_sapiens.07 Homo_sapiens.08 Homo_sapiens.09 Homo_sapiens.10 Homo_sapiens.11 Homo_sapiens.12 Homo_sapiens.13 Homo_sapiens.14 Homo_sapiens.15 Homo_sapiens.16 Homo_sapiens.17 Homo_sapiens.18 Homo_sapiens.19 Homo_sapiens.20 Homo_sapiens.21 Hylobates_lar.1 Hylobates_lar.2 Hylobates_lar.3 Macaca_mulatta.1 Macaca_mulatta.2 Mesocricetus_auratus Monodelphis_domestica Mus_musculus.1 Mus_musculus.2 Mus_musculus.3 Mus_musculus.4 Mus_musculus.5 Oryctolagus_cuniculus.1 Oryctolagus_cuniculus.2 Ovis_aries Pan_troglodytes Papio_hamadryas.1 Papio_hamadryas.2 Placental_ancestral Pongo_pygmaeus Rattus_norvegicus.1 Rattus_norvegicus.2 Rattus_norvegicus.3 Rattus_norvegicus.4 Sus_scrofa;
        constraint aves -1 = Coturnix_coturnix Gallus_gallus Struthio_camelus.1 Struthio_camelus.2 Struthio_camelus.3;
	constraint plant_algae -1 = Arabidopsis_thaliana.1 Arabidopsis_thaliana.2 Arabidopsis_thaliana.3 Arabidopsis_thaliana.4 Arabidopsis_thaliana.5 Glycine_max Oryza_sativa Zea_mays.1 Zea_mays.2 Zea_mays.3 Zea_mays.4;